полагаю директор является также и участником единственным в ООО?
если так, то директор заверяет от имени директора форму Р13001, а в качестве участника заверяет решение.
Обойти заверение у нотариуса никак нельзя.
Если он за границей, то пусть оформит документы за границей у нотариуса, в консульстве (там где это возможно), а также доверенность необходимо оформить на представление документов в регоргане, поставит апостиль на документы и передаст документы почтой в РФ, здесь документы переведут на русский язык и нотариально удостоверят (в РФ уже присутствие директора не понадобится).

А как вы собираетесь без директора увеличивать уставный капитал?

но в форме Р13001 заявитель ведь директор, если его не меняют, поэтому считаю что его присутствие необходимо, ну или позже если с формой придёт к нотариусу

Иногда решения об увеличении уставного капитала заверяются у нотариуса не в один день с заверением 13 формы, да и в другом городе причём это может происходить. Поэтому тащиться директору в другой город к нотариусу чтобы "свечку подержать" не вижу смысла.