да, можно вроде бы, но пока так не пробовал

Я, например, не хочу подавать документы по определенной компании в электронном виде и для меня не только смысл но и архиважное значение получить их из налоговой также на бумажном носителе.
Поэтому и вопрос - можно подавать на регистрацию двухсторонние документы? По словом "Можно" имеется ввиду, что налоговая не откажет по причине представления двухсторонних документов и их зарегистрирует.

Документы можно получить на бумажном носителе и при электронной подаче.

подавайте, печатайте с двух сторон, сейчас можно