Сегодня ещё раз был у нотариуса. При нем дозвонился на горячую линию в 46 попросил проконсультировать по телефону по порядку исправления данной ошибки.
По телефону нам сказали также как и написано в письме, которое выкладывал SMokrov, - подавать на исправление ошибки, заявитель нотариус.
В итоге подали сегодня. будем ждать

Нотариус сказал, что в нотариальной палате обобщают практику по этой проблеме, чтобы внести предложение о необходимости внесения поправок в ФЗ.  

Получили из налоговой документы об исправлении "ошибки". Пропавшую долю восстановили. Можно распределять доли между участниками.
Ура!

Спасибо!

Не желаю никому с этим столкнуться.