Добрый день.

В промежуточном балансе (ПЛБ) может быть указана задолженность по займу учредителя. ПЛБ можно вообще не подавать в МИФНС.
Переплата в бюджет не является препятствием для ликвидации. В ликвидационном балансе (ЛБ) не должно быть кредиторской задолженности. Погасите задолженность и уберите эти данные из ЛБ.