все просто... нужно делать точно в соответствии с законом...
1) принимаете решение о ликвидации и назначаете ликвидатора (Р15001 + решение)
2) публикуете сообщение в журнале вестник
3) утверждаете промежуточный ликвидационный баланс (регистрируете уведомление в регоргане) (Р15001 + промежуточный ликвидационный баланс)
4) если долгов нет, то составляете ликвидационный баланс, подаете заявление на ликвидацию организации (Р16001 + ликвидационный баланс + справка из пенсионного фонда + квитанция об оплате пошлины)

В Москве можно подать 3) и 4) одновременно в налоговую, если нет долгов.

это ошибка, нужно исправлять. Проверьте еще раз форму, которую подавали, если в ней все верно указано, то это ошибка налоговой, исправлять нужно через Управление, подать заявление об исправлении ошибки.

нет смысла подавать форме 15001, не зарегистрируют. Сначала необходимо отменять запись о рео! По-другому не получится    

Если вы сразу при принятии решения о ликвидации назначаете и ликвидатора, то естественно в одной форме указываете две галочки ("уведомление о ликвидации") и ("уведомление и формировании ликвидационной комиссии").
Заявителем в данном случае будет именно ликвидатор, других вариантов нет.

для публикации в журнале Вестник сообщения о ликвидации общества необходимо предоставить бланк-заявку, сопроводительное письмо, решение о ликвидации и назначении ликвидатора (РЛК), лист записи (или выписка из ЕГРЮЛ) с внесенными сведениями о ликвидаторе и квитанция об оплате публикации объявления.
Соответственно пока не будут внесены в ЕГРЮЛ сведения о ликвидации и назначении ликвидатора (РЛК), вы не сможете опубликовать сообщение в Вестнике.

ликвидатором может быть абсолютно любое физическое лицо! ООО "Гараж" как единственный участник ООО "Пчелка" принимает решение о ликвидации ООО "Пчелка", а также назначает ликвидатора или руководителя ликвидационной комиссии любое физ.лицо, в том числе это может быть и ЕИО ООО "Штучка")))
подаете в налоговую форму Р15001 и решение, принятое ООО "Гараж".

подать нужно в течение 3 дней, чтоб штрафа не было ликвидатору, но если штрафа не боятся, то могут и не торопиться с подачей    отказа ведь не будет.

1) можете составлять ПЛБ начиная с 7 мая, можете составлять столько времени сколько вам на это понадобится, ограничений нет, но не забывайте, что по закону завершить ликвидацию необходимо в течение 1 года с момента начала ликвидации
2) подавать в 46 ифнс вместе с Р15001, но можно и не подавать ПЛБ, если честно    

ликвидатором можно назначить любое физ.лицо, главное чтоб оно не было дисквалифицировано.
в протоколе или решении участники прописывают кого назначают ликвидатором, здесь все просто. форму нужно заполнить Р15001 на назначение ликвидатора, там заполняете лист А - сведения о формировании ликвидационной комиссии/назначении ликвидатора и указываете паспортные данные своего ликвидатора.
Учтите, что заявителем является ликвидатор, то есть то третье физ.лицо, которое вы назначаете, именно оно пойдет к нотариуса удостоверить подпись в заявлении

Действительно, с реорганизацией теперь большие сложности, делать реорганизацию можно конечно, некоторые берутся за такое рео, но нужно рассчитывать, что рео обойдется скорее всего дороже, чем добровольная ликвидация и однозначно дольше, учитывая приостановку и остальные риски. Однако не забываем о реальной реорганизации (не в качестве альтернативки), здесь выбирать не приходиться)