плюс, что касается проверок юр. лиц можете также ознакомится с Федеральным законом от 26 декабря 2008 г. N 294-ФЗ "О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля"

конечно, на официальном сайте Минюста можете ознакомиться с регламентом - АДМИНИСТРАТИВНЫЙ РЕГЛАМЕНТ ПО ОСУЩЕСТВЛЕНИЮ КОНТРОЛЯ ЗА СООТВЕТСТВИЕМ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ НКО УСТАВНЫМ ЦЕЛЯМ И ЗАДАЧАМ, ФИЛИАЛОВ И ПРЕДСТАВИТЕЛЬСТВ МЕЖДУНАРОДНЫХ ОРГАНИЗАЦИЙ ЗАЯВЛЕННЫМ ЦЕЛЯМ И ЗАДАЧАМ, А ТАКЖЕ ЗА СОБЛЮДЕНИЕМ ИМИ ЗАКОНОДАТЕЛЬСТВА РФ

конечно, вначале проверка, если по итогам проверки выявлено нарушение деятельности НКО, то Минюст выносит либо предупреждение, либо административный протокол, в отношении общественной организации или религиозной может быть вынесено решение о приостановлении деятельности на определенный срок до устранения нарушений и в крайнем случае - подача заявления в суд о ликвидации организации

например:
1. НКО использует символику, которая совпадает с государственной символикой Российской Федерации;
2. Вручает награды, которые схожи с государственной наградой; присваивает звания при отсутствии на это соответствующих полномочий;
3. Осуществляет деятельность, которая не предусмотрена уставом организации
4. Осуществляет деятельность, нарушающую права и свободы граждан (например, экстремистская деятельность).

иск обычный
на основании ст. 333.19 НК РФ - 3) при подаче искового заявления имущественного характера, не подлежащего оценке, а также искового заявления неимущественного характера:для физических лиц - 300 рублей;
для организаций - 6 000 рублей;

Вы от физического лица подаете?

наиболее частые причины ликвидации НКО по решению уполномоченного органа-
1. грубое нарушение действующего законодательства в деятельности НКО;
2. не представление отчетности, информационная закрытость в деятельности НКО;
3. деятельность НКО, которая препятствует достижению цели, ради которой создана эта организация.  

перерегистрироваться в Ассоциацию не нужно, можете сразу начинать процедуру добровольной ликвидации

ну это уже не добровольная ликвидация, когда Минюст обращается в суд, а принудительная, которая применима к любым НКО и общественным, а не только к фонду

в том числе члены высшего органа управления фонда могут обратиться в суд

решение о ликвидации фонда может принять только суд по заявлению заинтересованных лиц
Суд, принявший решение о ликвидации фонда, назначает ликвидационную комиссию (ликвидатора) и устанавливает порядок и сроки его ликвидации